- Yacht club Labe z. s.
- YMCA Braník
- Yamaha Star Czech Republic z.s. "v likvidaci"
- Yacht Club Lanškroun, z.s.
- YMCA Brno
- Ynnovations - Institut pro znalostní společnost v likvidaci
- YEAH, z.s.
- Yggdrasil Yoga z. s.
- Yacht club Vranovská přehrada z.s.
- yo-yo, z. s.
- Yacht club ANCORA
- YACHT CLUB SILŮVKY, z.s.
- You can do it!, z.s.
- Yachtclub Balaton 24 z.s.
- Yoki Home, z.s.
- Yacht klub CERE Plzeň
- Yogadana, z.s.
- Yacht Club Říčany
- YWCA v České republice v likvidaci
- YPJ Evropa, z.s. v likvidaci
- YOUR FREESTYLE ACADEMY z.s.
- Yacht Club ROLLING BOTTLES, z.s.
- Yacht club Letovice
- Youth4Ova, z.s.
- Young Planeswalkers
- Yachtclub Pardubice, z.s.
- Yoga House, z.s.
- Y.C. Nové Sedlo
- Yoda Mentorship Programme, z.s.
- YORE - Občanské sdružení přátel historie
- YOUTH ROMA PARLIAMENT, z. s. v likvidaci
- YACHT CLUB REGENT z.s.
- YZENGRIN z. s.
- YounGuns Brno, z.s.
- YAD Albert z.s.
- YACHTCLUB BANÍK OSTRAVA
- Yerlango o.s.
- Yobi Take Puraha Shakuhachi Collegium z.s.
- YACHT KLUB JESENICE z.s.
- Ygdrassil, z.s.
- YMCA Nejdek
- Yacht club Bystrc Brno z.s.
- YACHT CLUB KOLODĚJE
- YMCA DAP
- Yacht klub Jestřábí, z.s.
- Yachtclub Jinočany, z.s.
- Your Freestyle, o.s. v likvidaci
- Yacht klub J.J.J., z.s.
- Yacht club Znojmo, z.s.
- Yoga retreat club z.s.