- Institut tržního urbanismu, z.s.
- IN, z. s.
- Institut pro rozvoj měst a obcí z.s.
- In Infinitum, o.s.
- Institut pro restorativní justici, z.s.
- InREGIO o.s.
- I. SK LEGES v likvidaci
- Institut autorských práv, z.s.
- Institut psychoanalytické psychoterapie v likvidaci
- InEurope z.s.
- IDI - Institute for Democratic Iniciatives, z. s.
- IMMORTALIS
- Institut moderní hudby, z.s.
- International Hill Climb Association
- Ivanovice proti R43
- Investee Education, z.s.
- IN Club, z.s.
- INTEGRITA v likvidaci
- INTERNATIONAL INSTITUTE FOR INTERACTIVE GRAPHICS, o.s.
- INOX Tri Team
- IRBIS v likvidaci
- In Aqua Sanitas z.s.
- INICIATIVA FÓR_UM, z. s.
- Informační média Česká Republika, z. s. v likvidaci
- iNquinity o.s.
- In-line klub Havlíčkův Brod z.s.
- Intellectual Capital Investment Association, z.s.
- Iniciativa Martina Konvičky z.s.,
- International Consortium for Cell Therapy and Immunotherapy, z.s., v likvidaci
- Institut komunitního rozvoje, z.s.
- Institut Puls, z.s.
- Institut prevence, z. s.
- Intermedia Press, v likvidaci
- Imperium Dance Centrum o.s.
- INTERGRAM, nezávislá společnost výkonných umělců a výrobců zvukových a zvukově-obrazových záznamů, z.s.
- INSTITUT AK, z. s.
- Ivanka dětem , z.s.
- In-Line Hockey Club Chomutov
- Iuvamus, z. s.
- IWATC z. s.
- International Christian Fellowship Praha z.s.
- I cesta může být cíl z. s.
- IBK Kladno
- Independent Order of Odd Fellows - Martel lóže č.4, z.s.
- IT praxe, z.s.
- IDENTITY WS club Nechra z.s.
- Informační středisko mírových skupin v likvidaci
- Infinity productions, z. s.
- Informační centrum veřejného sektoru v likvidaci
- Informační a vzdělávací centrum Plzeň, spolek