- Ecoinstitut, z.s.
- EKOhaus Třebíč, z.s.
- European DanceSport Union
- European Network for Financial Education, z. s. v likvidaci
- Energický spolek
- EBK Basketball Brno z.s.
- EXTRACT, music for people
- EDAOS, z.s.
- Eurohockeyschool
- EXTRALIGA MASTERS, spolek
- EuroPartner
- Erasmus Student Network Česká republika z. s.
- EURO-PROJECT "v likvidaci"
- Enerkom Tišnovsko, z.s.
- Elektrotechnické výzkumně-vývojové centrum, z.s.
- Ekoinfo Palouček
- EducationTalentCulture, z.s.
- ELPIDA-Sdružení rodičů a přátel návratu ze závislosti
- EQUICENTRUM - Jaroměř z.s.
- EQUUS-SPORT-SYSTEM
- Equittana - azyl z. s.
- EXTRA BRNO z.s.
- EMPORA CLUB o.s.
- Euro-Gulf Information Centre Czech Republic, z.s.
- Evelínka, z. s.
- Edukativní konopná klinika, z.s.
- EKONA v likvidaci
- EKOžába, z.s.
- EKO VRÁTKOV, o.s.
- Evropské středisko pro výzkum tradičních nauk, v likvidaci
- Enviromentalistický zelený kříž, z.s.
- Edukado - spolek pro vzdělávání
- Evropská iniciativa o. s.
- EASY Live z. s.
- EMOTER - Essential Medical Outreach & Treatment Rescue, z.s.
- European Society of Investors in Natural and Social Sciences Research, z.s.
- ENHA Ostrava - Sportovní klub pro parkour a trampoliny z. s.
- Erudito, z. s.
- E-MOC-E, z.s.
- Ekologie a aktivita o.s. v likvidaci
- EKO Moravany
- Elmama,z.s.
- Expertní komora kariérového poradenství, z.s.
- EFEKT, o.s.
- Energy sports team, z.s.
- Elitní spolek přátel MJ
- Enduro klub Šumperk
- EU SOCIETAS EUROPAEA - unie z. s.
- ENVIRO Vize, z.s.
- Erasmus Student Network USB Budweis z.s.