- Eldorádo z.s.
- EILAND z.s.
- Eruditus - Kruh přátel školy, spolek
- EU spol. na ochranu práv občanů
- EQUIFEED TEAM z. s.
- eKultura, z.s.
- Endorfin Klub, z.s.
- Enerkom SKCH, z.s.
- Eldorádo Badminton Praha, z.s.
- Empiria z.s.
- Emergency medical group, z. s.
- EFEKT DANCE BRNO, z.s.
- EKO SPORT DUBOVÁ
- Egeria, z. s.
- EKO-JIH
- Eppas z.s.
- Elipsa v likvidaci
- Ensemble Opera Diversa, z.s.
- European Boxing z.s.
- Emmaus Praha v likvidaci
- Evropská demokratická mládež v České republice v likvidaci
- EDUkační LABoratoř, z. s.
- Eco-a-my
- Energie z obnovitelných zdrojů o.s. v likvidaci
- Enduro Boars, z.s.
- EDWIN z.s.
- EQUIS o.s.
- ELIŠA v likvidaci
- EMPORA CLUB o.s.
- European Consulting & Service Institute z.s.
- EOL realizace z.s.
- Eltossport Praha v likvidaci
- Enviromentalistický zelený kříž, z.s.
- EPRA
- ENERKOM Šumavsko, z.s.
- EXPEDICE APALUCHA z.s.
- Equisport Čeladná z.s.
- edu solution z.s.
- EASY MEDIA
- eDELTA, z.s.
- Edulín z.s.
- Ekonomický klub
- EKO-OPO v likvidaci
- e-LIŠKA, z.s.
- ENERKOM Moštěnka, z.s.
- ENVIROP Care, z. s.
- Energie pro všechny
- ExperiPent, z. s.
- ENERKOM Písecko z.s.
- ETNA - ŠKOLSTVÍ