- ESTAVELA SPORT CLUB o.s.
- EaGERs, z. s.
- Europa UOMO CZ, z.s. - v likvidaci
- Evropský kruh "Franz Kafka" Praha v likvidaci
- E - line
- Ensemble Opera Diversa, z.s.
- Evropský institut dalšího vzdělávání z.s.
- EDUCANOVA, z.s.
- El Grifo, z.s.
- East European Information Centre, z.s.
- EDUNIKA z.s.
- European town development, o.s.
- ENERKOM Podlipansko, z.s.
- etc. galerie z. s.
- Evropský institut pro udržitelný rozvoj, z.s.
- Euroinstitut
- Ekoschool - žákovská environmentální
- EOL energy z.s.
- ECOPOLIT, o.s.
- EmiHraní, z. s.
- Evropský knižní spolek, v likvidaci
- Erasmus Student Network Zlin, z.s.
- Elevate registry solutions z.s.
- ENJOY SPORT KLUB Liberec o.s.
- ENERGOKLASTR, z.s.
- e-scuola, z.s.
- EUREG z.s.
- ExARGEMA, z. s.
- ELDORÁDO, spolek dětí a mládeže
- eSeNBáci z.s.
- European Center for Civic Initiatives, z. s.
- EPF Schooling z.s.
- Extinction Rebellion Czech Republic - Rebelie proti vyhynutí, z.s.
- EKONET z.s.
- Ekologická společnost Krkonoš v likvidaci
- ETIKA V CHOVECH
- Ekologické Sdružení Občanů Stodůlek a Řeporyj, v likvidaci
- EKOCENTRUM alternativní výchovy a vzdělávání
- European Hockey Academy, z.s.
- Ex Oriente, zapsaný spolek
- European Great Commission Collaboration, z.s.
- Ernestina v likvidaci
- Ekumenická síť Společný domov, z.s.
- European Association of Developers, z.s.
- EXTREM TEAM VYSTRKOV, o.s.
- EkoLibuš, z. s.
- EMIJA orient, z.s.
- EPO1, z.s.
- European Defence Readiness Chamber, z.s.
- Emauzský spolek Gregorius