- European Hockey Clubs Union z. s.
- ErnetFree
- Easy Solution Brno, v likvidaci
- Explosiw Bike Team
- Ebed, z.s.
- Evropský finanční institut
- E-RIVALS z.s.
- Euphorica, z.s.
- Evropský institut pro povrchové úpravy
- Evropský kongres Ukrajinců, z.s.
- Elektroretro z.s.
- EDUM, z.s.
- Ekologická iniciativa ochránců Krkonoš - EIOK
- Ensemble Hilaris z.s.
- EDUCA QUALITY, z.s.
- Evropa v regionu z.s.
- Erasmus Student Network UP Olomouc, z.s.
- Erasmus Student Network Zlin, z.s.
- Elitní spolek přátel MJ
- Extrémní sporty Hodonín z.s.
- EFCHARISTO z.s.
- E16100 z.s.
- EUROS
- ETIQ.CZ, z.s.
- Events 4 you, z.s.
- E-koruna z. s.
- EDUCA-MB občanské sdružení
- EDUvet.cz z.s.
- Euroregion Šumava - jihozápadní Čechy, z. s.
- ESTER z. s.
- Evropské centrum rozhodčího řízení, o.s.
- Entre Sociale z.s.
- Easy kvízy, z.s.
- Evropská unie umění z. s.
- EKKO, Jablonec nad Nisou
- Ekocentrum Návraty, zapsaný spolek
- European Association of Education, z.s.
- Erudio, o.s.
- Egéria Kadaň, z.s.
- ESTinstitute, z.s.
- ETM Praha - tenisový klub, z.s.
- Energie z obnovitelných zdrojů o.s. v likvidaci
- Ekoforum pánevní oblasti Severních Čech
- Erasmus Student Network Liberec z. s.
- Edufundraiser, z.s., v likvidaci
- Elektrotechnický cech Milevsko
- ELECTRA-CITY, o.s.
- Elvis Jihlava, z. s.
- Ergo Vitalis z.s.
- Evangelikální společenství křesťanů, z.s.