- Equilibrium, o.s.
- El Speedo - flying community, z.s.
- Ejpovice k životu z.s.
- EKO OBORA HVĚZDA v likvidaci
- Evropsko-čínská asociace pro kulturní, hospodářskou a obchodní výměnu z.s.
- E-koruna z. s.
- English Learning Centre o.s. v likvidaci
- Evropská demokratická mládež v České republice v likvidaci
- enterra - výzkum, vzdělávání, komunikace, profesní podpora
- Equilibrium Eventing z.s.
- Educational group, z. s.
- e-Participace z.s.
- ENDURO SPORT PLZEŇ z.s.
- EPIMELEIA, z.s.
- Esoterická společnost Hermetigon
- EMDR Česká republika z.s.
- EURODÉFENSE CZ z.s. v likvidaci
- Eko for 4
- EOL energy z.s.
- EGLSEE
- EKO-NAČERADEC
- EREMY, z.s., v likvidaci
- European Profi Medical Association, z.s.
- EL Pako z.s.
- ESN Hradec Králové z.s.
- EDUmix, z.s.
- EDUvet.cz z.s.
- Ekologické sdružení občanů Ovčár-průmyslová zóna
- Evropské rozvojové centrum Praha, o. s.
- ELSA Olomouc, z. s.
- ERASMUS a COMPANY v likvidaci
- Excellence Cigar Club z.s.
- Evropská Asociace Celostní Muzikoterapie, z. s.
- Erasmus Gathering, z.s.
- EQUUS KUCHAŘOVICE, z. s.
- Euro Garancia, sociálně ekonomické společenství v likvidaci
- Error, o. s.
- Enjoy triatlon klub, z.s.
- Ekologické sdružení Zahrada Moravy Boršice, z.s.
- ETORDA O.S.
- EUZPP - Evropská unie zrakově postižených pacientů z.s.
- Ec chajim, z.s.
- ELIKRY z.s.
- Evropská projektová agentura, o.s.
- e-Inkluze spolek pro digitální inkluzi osob znevýhodněných nebo zdravotně postižených, z.s. zkráceně e-Inkluze, z.s.
- ELVIS GYM,o.s. "v likvidaci"
- Ekologické sdružení občanů Psár u Prahy v likvidaci
- Evropské poradenské a informační centrum Olomouc "v likvidaci"
- Energie2050 z. s.
- Equal rights movement - asociace cizinců v ČR v likvidaci