- ELITÉ OSTRAVA z. s.
- Eastwicked Promotion z.s.
- Elektromontáže pro Ústecký kraj z.s.
- Ekokoridor
- EXTREME SPORT CLUB
- E-MOC-E, z.s.
- Extrémní sporty Hodonín z.s.
- EPHATA z.s.
- ECOLOGICA GABRETA
- Ekocentrum Blansko
- EduMeda z.s.
- E-RIVALS z.s.
- Ekoport z.s.
- Ergon - sociální podnik, z.s.
- ENVIC, občanské sdružení
- Envi-Net
- Expert racing team z. s.
- EVOPS, spolek
- ETSAS z.s.
- Eruditus - Kruh přátel školy, spolek
- EP Kids, z.s.
- Esence zdraví, z.s.
- Erasmus Student Network VUT Brno, z. s.
- EUROJUNIORSPORT z.s.
- Evropský kongres Ukrajinců, z.s.
- ENTROTERRA, o.s.
- EduHive z. s.
- EQUITA
- EDURETIA v likvidaci
- Energis 24
- E - SERVIS v likvidaci
- EQUUS HERRIOT z.s.
- ÉRA sport Litomyšl
- European Knowledge Institute, z. s.
- ESOKOL
- EquiRelax Slezská Harta, z.s.
- Exkurzní a turistický oddíl při Veterinární univerzitě Brno, z. s.
- End Duchenne z.s.
- EPIMELEIA.CZ, z.s.
- EDUKRO, z. s.
- Equi Madlen, z.s.
- Ekocentrum Vřesoviště, z.s.
- Erebia, z. s.
- EduFarma, z. s.
- Europen Dumplink v likvidaci
- Enerkom SKCH, z.s.
- Erteple a Hmla, z.s.
- ETUDA PRIMA z.s.
- EURO TELEVISION - HUMANITARIAN ORGANIZATION CZECH REPUBLIC o.s.
- Endorfun, z.s.