- ELMI - Spolek přátel elektronové mikroskopie
- ENERKOM Tachovsko, z. s.
- EURION, z.s.
- EKOFÓRUM spolek
- European Chinese Culture & Exchange Associaton z.s.
- Expediční a střelecký klub, z.s.
- EU-ROZHLED
- Evropská asociace informačních, vydavatelských a konzultantských společností
- EMIJA orient, z.s.
- Ekocentrum Zulejka, z. s.
- Energie pro všechny
- European Consulting & Service International z.s.
- Equilibrium Eventing z.s.
- ERGO-Společnost pro zvyšování životní úrovně v likvidaci
- Escaper.cz, z.s.
- Enerkom SKCH, z.s.
- EDUGEN z. s.
- EUROTALENT
- ESN Charles University Prague, z. s.
- Elen world, z.s., v likvidaci
- Ekologické Hnutí "Modrá planeta" v likvidaci
- EDUCATIO, z.s.
- ELLA - ROCK
- Equi Madlen, z.s.
- European Summer Program on Rationality, z. s.
- EaGERs, z. s.
- Etiopská komunita v ČR - spolek
- Equi Academy z.s.
- Eurodidakt o.s.
- Evropská akademie designu v likvidaci
- Erasmus Student Network VŠTE Budweis, z.s.
- Education42morrow z.s.
- Edukado - spolek pro vzdělávání
- Expert Tuning Club Prostějov, o.s. v likvidaci
- Espero z.s.
- Emerik Blum, z.s.
- Environmentální chování odpovědné společnosti - ECHOS, z. s. v likvidaci
- EDUM, z.s.
- ELSA Plzeň, z.s.
- EDURETIA v likvidaci
- EVKC (Evropské vzdělávací a kulturní centrum) z. s.
- Ekologická farma Brčálník
- Extreme Wheels Rožnov, z.s.
- ESTAVELA SPORT CLUB o.s.
- eMOTION Powerlifting Plzeň z.s.
- Elektrotechnický svaz český, z. s.
- Euforall z.s.
- Ekonomický tým II, o. s.
- Epistea, z. s.
- ELEANOR 1967 z.s.