- Eliščiny jesličky z.s.
- European Association of real estate investors v likvidaci
- Element Karlovka z. s.
- EquiTeam Bohemia, z.s.
- Edulín z.s.
- Edmundova soutězka
- European Civil Liberties Union, z.s.
- Educa Optima , z.s.
- Edu4life, o. s.
- Eagles Team
- East-West-Film club v likvidaci
- ENERKOM Šumavsko, z.s.
- Evropská síť klinického právního vzdělávání, z.s.
- Expediční a střelecký klub, z.s.
- European Educational Cannabis Clinic, z.s.
- European youth for human rights, z.s. v likvidaci
- ELISCIA, z.s.
- Emergency Extreme, z.s.
- EDUCA QUALITY, z.s.
- EURAPAG, Evropské sdružení gynekologie dětí a dospívajících - European Association of Paediatric and Adolescent Gynaecology
- Expedito z.s.
- Europa Club Brno, o.s.
- ESTinstitute, z.s.
- Esoterická společnost Hermetigon
- ELPIDA-Sdružení rodičů a přátel návratu ze závislosti
- Evangelikální společenství, z.s.
- Ekostudio, o.s.
- ES OFF ROAD TEAM, z.s.
- Euskaldun, z. s.
- European Soft Tennis Federation
- E.V.A., z.s. BENEŠOV
- EKS, z.s.
- EduLaw, z.s.
- ES Česko z. s.
- EDUCANOVA, z.s.
- Event Marketing Association Czech Republic, o. s.
- EUROBURZA
- Ekologické sdružení občanů Ovčár-průmyslová zóna
- EFA - fotbal z.s.
- EDUSCOPE CZECHIA, z.s.
- ELON CLUB z. s.
- Eurythmea z.s.
- EduFórum, z. s.
- Enami, z.s.
- Ekonomická společnost Masarykovy university v likvidaci
- ELCY - Elektrocyklisté, z. s.
- Ekologie Beskydy
- European DanceSport Union
- Eccentric Club, z. s.
- EvetData, z. s.