- European Media Professionals, o.s.
- EkoTOZ o.s.
- EMPATHIA z.s.
- Euforall z.s.
- Experimentální divadlo Múza
- Eye-T.cz, z. s.
- Emeritní ostrostřelecký spolek Clary /EOSC/, z. s.
- Evropské středisko pro výzkum tradičních nauk, v likvidaci
- Educante z.s.
- Evropské rozvojové centrum Praha, o. s.
- Exkurzní oddíl Varnsdorf, z.s.
- Evropská iniciativa o. s.
- EDU Effective, z.s.
- ENERKOM Krnovsko z. s.
- Ekologicko Technologický Park Milenovice
- Evropa bez hranic/ Europe without borders, z. s.
- EVERMORE - KIDZ z. s.
- EDUCATORIO, z.s.
- Educenter Komunita Praha 5 z.s.
- Energy sports team, z.s.
- Essence gate z.s.
- ÉTHUM - sdružení pro sociální prevenci a sociální pedagogiku v likvidaci
- E.H security gym o.s., v likvidaci
- Elčovská dudácká muzika
- E-commerce & Tech cluster, z.s.
- EC Babočka, z.s.
- Ekologický bod, z.s.
- ELITÉ OSTRAVA z. s.
- EquiRelax Slezská Harta, z.s.
- Ekonom G, z.s.
- EuroPartner
- European People & Media z.s.
- ENVIK z.s.
- EUROS
- Educational group, z. s.
- Evropská asociace rozvoje sportu z. s.
- Ekologické sdružení Lískový dvůr
- European Security Association
- ENDURO TEAM SLOVÁCKO z.s.
- EUROPEAN MEDIA ASSOCIATION,o.s.
- EmaDry, z. s.
- Emergency Logistics Ambassadors z. s.
- Ekocentrum Zulejka, z. s.
- ELIŠA v likvidaci
- E-sdílej, z. s.
- EDUKRO, z. s.
- Ensemble Damian z.s.
- Evropská Aliance pro Rozvoj Podnikání z. s.
- Euroregion Šumava - jihozápadní Čechy, z. s.
- ETERNITY