- EUROPEAN POLE DANCE FEDERATION, z.s.
- EXPEDITION CAMERA CLUB, Z. S.
- Element Karlovka z. s.
- ESPERAS, z.s.
- Evropské centrum pantomimy neslyšících, z.s.
- EPRA
- Embassy poker club o.s.
- Etické fórum České republiky, z.s.
- Ehlers - Danlosův syndrom a syndrom hypermobility, z. s.
- Elišáček z.s.
- EURASIAN TRANSGENDER COALITION, Z.S.
- EXTRÉMNÍ SPORTY z.s.
- EUNOMIE
- Ekocentrum Lesík z. s.
- EUROPA ALMA MATER
- Evropská asociace na podporu zdraví, o.s.
- Educent z.s.
- Evropská Aliance pro Rozvoj Podnikání z. s.
- EVROPSKÉ CENTRUM ROMSKÉ HUDBY V PRAZE o.s.
- European Czech Syrian Chamber of Collaboration z.s.
- Evropské rozvojové centrum Praha, o. s.
- ELASA CZ
- ENERKOM Bobrava, z.s.
- ENERKOM Moravská cesta, z. s.
- ERMITÁŽ MATAL
- EXOTA Malé Svatoňovice, zapsaný spolek
- Eduwork z.s.
- EkoZET o.s.
- Ecospolek,z.s.
- Ekocentrum Budař z.s.
- EUROASIA v likvidaci
- ECC 2012, z.s.
- E - PROJECT o. s., v likvidaci
- Edu4life, o. s.
- Eurotrialog
- E - demokracie v likvidaci
- ENERKOM Pobeskydí, z. s.
- ENERKOM Růže, z.s.
- Evropský dům Mariánské Lázně
- Erasmus Student Network CTU in Prague, z.s.
- EUROQUALITY, z.s.
- Erste Football Club, z.s.
- EDU-SCHOOL CONSULTANT, z. s.
- Europen Dumplink v likvidaci
- Educat spolek
- Erudio Natura o. s.
- ECCE HOMO v likvidaci
- ENTRANCE GALLERY
- Expedial
- Energie pro každého