- Emilův klub gurmánů a příznivců piva, z.s.
- ENERKOM Podlipansko, z.s.
- Ekologické Křenice u Prahy z.s. v likvidaci
- EduMeda z.s.
- Ekocentrum Mšec z. s.
- Elvis Jihlava, z. s.
- EURYBIA YACHT CLUB z.s.
- Every Day Tuning Club, o. s.
- Ecce Homo Pedal, spolek
- EPIMELEIA, z.s.
- EPC-klub, z.s. v likvidaci
- E Center
- Ekoforum Štěkeňsko
- ERBIA Student Club z.s.
- Elite Sport Boskovice, z.s.
- Effective thesis z.s.
- ENERGOUNION z.s.
- EMOTER - Essential Medical Outreach & Treatment Rescue, z.s.
- E-sdílej, z. s.
- ECCE HOMO v likvidaci
- Epochal Dances z.s.
- Espero z.s.
- ERBIA Golf Club z.s.
- ELSA Praha, z.s.
- Evropská asociace výrobců lehkých letadel
- Excalibur Brno, z.s.
- Erudikum, z.s.
- Equine Academy, z. s.
- Erasmus Student Network VŠB-TUO, z. s.
- Ekumenická společnost paní Zdislavy v likvidaci
- Emergency Logistics Ambassadors z. s.
- ETNIC ART v likvidaci
- Etnica Spolek
- Educa Corcontica, z.s.
- Endurová Škola, z.s.
- ENHA Ostrava - Sportovní klub pro parkour a trampoliny z. s.
- Evropská unie umění z. s.
- E.H.T.
- European DanceSport Union
- EKOPark Liberec, z.s.
- EKOPALIVA Libuň, o.s. v likvidaci
- ETTA CLUB - klub sběratelů pivních suvenýrů a historie pivovarnictví
- Events for life, z.s.
- ESOKOL
- ERMITÁŽ MATAL
- Essence gate z.s.
- Evropská liga pro ochranu lidské důstojnosti, z.s. v likvidaci
- ENERKOM Valašsko, z.s.
- Ekologie bez hranic, o.s. v likvidaci
- Ellis tk Svitavy