- Eagles Team
- Ekocentrum Linhartice, z.s.
- Evropská mezinárodní tisková služba, z. s.
- Erasmus Student Network Česká republika z. s.
- Eduka Bábetko z.s.
- Ekwo Club
- EKOCENTRUM U nás z. s.
- EPIC5.CZ, z.s. "v likvidaci"
- European Su Jok Institute, z. s.
- ERMITÁŽ MATAL
- EQUITA
- European Justice Organization z.s.
- Eduking, z.s. v likvidaci
- Evropský spolek pro OZP
- Expo - Trnka z. s.
- EKO Trend o.s. "v likvidaci"
- Euro Queer Edu Czech Republic, z.s.
- EKOKLUB Zlín v likvidaci
- EkoHELP, občanské sdružení
- ENERKOM Valašsko, z.s.
- Element, o.s.
- E-Lingvo o.s.
- eXtatus o.s.
- Ed6u elemic racing
- EXPEDICE NATURA z. s.
- Elim Písek, z. s.
- EF RIDERS z.s.
- EVA - European Virtual Association
- EREMY, z.s., v likvidaci
- Euro Garancia, sociálně ekonomické společenství v likvidaci
- Ekologická iniciativa ochránců Krkonoš - EIOK
- EULOW.NET
- European Council of Autistic People z. s.
- Evropská asociace na podporu zdraví, o.s.
- European Association of Education, z.s.
- Ekologická a humanitární služba občanů Na Farkáně, z.s.
- Eastside Fighters Gym z.s.
- Eurynomé z Chaosu z.s.
- Enkidu, z.s.
- Europa Club Brno, o.s.
- EPEO
- Evropská Aliance pro Rozvoj Podnikání z. s.
- ESPERANTO KLUBO PROSTĚJOV, z.s.
- ENGINE BUNCH o. s.
- EKOHUBERT z.s.
- Élektra, z.s. - Centrum pomoci ženám sexuálně zneužitým v dětství
- Ekocentrum Návraty, zapsaný spolek
- Enjoy triatlon klub, z.s.
- EU-LEX, z.s.
- Error, o. s.