- Ebenezer z. s.
- Ekoloko z. s.
- Ellis tk Svitavy
- eFeF companion
- ENERVIT Team v likvidaci
- Ellsa, z.s.
- EU-ROZHLED
- Ekofarma mlýn z.s.
- Evropská hospodářská komora pro obchod, podnikání a průmysl v likvidaci
- EDUmix, z.s.
- EAGLES Praha z.s.
- Elektromontáže pro Ústecký kraj z.s.
- ENVIKO, z.s.
- ELSA Olomouc, z. s.
- EnTrée, z.s.
- EURO INTERNET CLUB, z.s.
- European OUTLET Association, o.s.
- EUROČÍNSKÁ ASOCIACE, z.s.
- EKOENERGOREGION
- eXtatus o.s.
- Evropský parlament mládeže v ČR, z.s.
- Enami, z.s.
- EDUkační LABoratoř, z. s.
- Evropská asociace bezpečnosti silnic z.s.
- ESO 97
- EŽ BOWLING GLADIATORS
- EDUKRATES z.s.
- EkoHELP, občanské sdružení
- Ekologický servis Praha
- Epiphany z.s.
- EU Relaunch, o.s.
- EraYouth z.s.
- ECCE HOMO v likvidaci
- ELECTROTECHNICAL CLUSTER, z.s.
- European Publishers Association, z.s.
- EDUCOS o.s.
- Ernesta Club Lipno, z.s.
- Extreme Wheels Rožnov, z.s.
- Erudio, o.s.
- EFEKT DANCE BRNO, z.s.
- Energický spolek
- E-Lingvo o.s.
- EURO KONGRES Liberec
- Ekojóga České republiky, zapsaný spolek
- Europe, be brave, z. s.
- Ekologické hnutí STROM, z.s. v likvidaci
- ENTOG CZ z.s.
- Eduking, z.s. v likvidaci
- EXPERO, z.s.
- European Wesleyan Association, z.s.