- Equilibro, z.s.
- ELITÉ OSTRAVA z. s.
- ESN Pardubice z.s.
- EXTREMEDEER o.s.
- Erasmus Student Network Ústí nad Labem, z.s.
- Evropský dopravně - vzdělávací institut, z.s.
- EWH REJNOCI Zlín o.s.
- Esoterická společnost Hermetigon
- EQUIS o.s.
- EMOTER - Essential Medical Outreach & Treatment Rescue, z.s.
- Ellis tk Svitavy
- EURO BIKE PRAHA v likvidaci
- E-Lingvo o.s.
- Ekipa, z.s.
- Ekokul z.s.
- Eskimák sports
- Experiment Ostrov, z. s.
- Ekologické Hnutí "Modrá planeta" v likvidaci
- EDDITION z.s.
- EULOW.NET
- Ekolidé
- Enduro Boars, z.s.
- EXTRALIGA STOLNÍHO HOKEJE PRAHA z.s.
- ENVIKO, z.s.
- Extreme Wheels Rožnov, z.s.
- Energeticko-technický inovační klastr, z.s.
- EDUSO Akademie, z. s.
- Empiria z.s.
- Extrémní sporty Hodonín z.s.
- Evropská numizmatická asociace z.s.
- E16100 z.s.
- Embassy poker club o.s.
- Ekologická a humanitární služba občanů Na Farkáně, z.s.
- EURION, z.s.
- ELEKTROTOP, v likvidaci
- ESCoART-Evropské sdružení pro současné umění v likvidaci
- EBK Basketball Brno z.s.
- EKOENERGOREGION
- Evita z. s.
- Energy Healing Therapy z.s.
- Ekocentrum Fryčkovna
- EDU institut, z.s.
- ENDURO SPORT PLZEŇ z.s.
- EuroClaim Consulting, o.s., v likvidaci
- Eventing Team z.s.
- EDU Rožnov z.s.
- Ekostream o.s.
- Energy sports team, z.s.
- Evropsko - africká asociace pro rozvoj Česká republika
- Euroregion Šumava - jihozápadní Čechy, z. s.