- Evropský obchodní a diplomatický klub Praha v likvidaci
- ESPORT MASTER CLUB z.s.
- Excellence Network
- Ekocentrum Příbram z.s.
- EFA - fotbal z.s.
- Egyptian Front z. s.
- Elab team, z.s.
- Evropské společenství Slovanů sv.Cyrila a Metoděje v likvidaci
- Elánek pro rodinu, z.s.
- European Su Jok Institute, z. s.
- EmaDry, z. s.
- Edíčkovci, z.s. v likvidaci
- Elim Písek, z. s.
- ECOLOGICA GABRETA
- Ernesta Club Lipno, z.s.
- EUROPE CLUB LITOMYŠL, z.s.
- Elektromobilní platforma, z.s.
- Epistea, z. s.
- EUROMEDIVAN - First Aid Medical Service z.s.
- EDAS, o.s.
- EUROPEANCLUB
- EMSOC z.s., v likvidaci
- EUROASIA v likvidaci
- Evropská asociace hráčů ledního hokeje, z.s.
- Ekologická iniciativa TRAVEX v likvidaci
- Eda Nezbeda a spol., z.s.
- Eagles Team
- Easy English, z.s.
- Ekologické sdružení občanů Psár u Prahy v likvidaci
- ECCE HOMO v likvidaci
- Ensó, z. s.
- Evropa bez hranic/ Europe without borders, z. s.
- Error, o. s.
- EntEra Society, o.s. v likvidaci
- eAKTIVITA z.s.
- E FOR YOU, z.s.
- Extreme cycling klub Třinec
- ENERKOM Jablunkovsko, z. s.
- EDUINO - Asociace pro edukaci a inovace ve vzdělávání, z.s.
- EMCC Czech Czechia & Slovakia, z. s.
- Element Karlovka z. s.
- Ekumenická akademie, z.s.
- Evita z. s.
- Entre, o.s.
- EFI CZ z.s.
- Ekoloko z. s.
- European Justice Organization z.s.
- EXTREM TWISTER TEAM v likvidaci
- emOcean surf, z.s.
- EXOPLANT - Česká společnost pěstitelů exotických a vzácných rostlin