- Enerkom SKCH, z.s.
- EDUSEC, z. s.
- Erudikum, z.s.
- Enduro Nepomuk, z.s.
- Eduwork z.s.
- EKOCENTRUM alternativní výchovy a vzdělávání
- Élektra, z.s. - Centrum pomoci ženám sexuálně zneužitým v dětství
- Eskimák sports
- Eisenhower Fellows, v likvidaci
- Evangelická společnost
- EDUM, z.s.
- EQUUS SPORT z.s.
- Evropské centrum mezinárodních vztahů
- ESTAVELA SPORT CLUB o.s.
- Evropské regiony
- Elektrotechnické muzeum Zubrnice
- Exedra
- Eiendom z.s.
- ESN MENDELU Brno z.s.
- EQUI KLUB PASTUCHOVICE, z.s.
- emove.space z.s.
- EDUCATORIO, z.s.
- Erasmus Student Network VUT Brno, z. s.
- Ekologie Velvary, z.s.
- Ekologické sdružení obce Skaštice, o.s.
- Euforall z.s.
- ecoagri z.s.
- EVANGELIKÁLNÍ BAPTISTÉ JABLONEC, z.s.
- EducenStep z. s.
- EFFE DUE CZECH MASTERS TEAM
- Ecopulse CZ, z.s.
- Elipsa vztahu, z.s.
- EPIC5.CZ, z.s. "v likvidaci"
- Early Education o.s.
- EduFOX z.s.
- Evropský Institut Profesního Vzdělávání v likvidaci
- Elsyst FC
- EQUUS-SPORT-SYSTEM
- Evropské centrum armádního generála Karla JANOUŠKA z.s.
- EQUUS HERRIOT z.s.
- EURODÉFENSE CZ z.s. v likvidaci
- Ex Oriente, zapsaný spolek
- Evropská asociace bezpečnosti silnic z.s.
- Evangelikální Baptistický Sbor Jílové, z. s.
- EAGE Local Chapter Czech Republic z.s.
- Evropské sdružení pro rozvoj elektronických služeb, z.s.
- Equicentrum Vysočina Rváčov
- Empiria z.s.
- Enzo Veneto
- ECOBLUEPORT o.s.