- English Playgroup, z.s.
- East European Information Centre, z.s.
- EASTERN - občanské sdružení pro podporu a rozvoj výtvarného a kulturního života v České Lípě
- Eduino, z.s.
- Erudito, z. s.
- ECO BAU z.s.
- EUROASIA v likvidaci
- Edelweiss CZ PRAHA, z.s.
- Erasmus Student Network Ústí nad Labem, z.s.
- ETIQ.CZ, z.s.
- Empeiria, z.s.
- Evropská Lok Yiu Wing Chun akademie Morava, z. s.
- Ekologické sdružení občanů Ovčár-průmyslová zóna
- Energetické společenství domů Brněnská 24, 26, 28 a 30 v Plzni, z. s.
- Eduking, z.s. v likvidaci
- Ein Gedi, z. s.
- Eurorestart z.s.
- Euro Job-Agentura podporovaného zaměstnávání o.s.
- Endurance Stable Semiramis "z.s."
- Euro-iránské centrum obchodního rozvoje, z.s.
- EuroCentrumHelp z.s.
- Edukuj, z.s.
- ESKYMO sport & travel, z.s.
- Eko - plus, o.s.
- Eupathia, z.s.
- enterra - výzkum, vzdělávání, komunikace, profesní podpora
- Edova cesta z.s.
- Evropská unie umění z. s.
- Evropská komora vzájemné spolupráce, z. s.
- eDuše, z.s.
- Expert racing team z. s.
- Ec chajim, z.s.
- EDUNIKA z.s.
- Evarcha - v likvidaci
- ERAWAN GYM
- EGLSEE
- EDUCANOVA, z.s.
- Elánek z.s.
- Evropské poradenské a informační centrum Olomouc "v likvidaci"
- ESPERAS, z.s.
- EU MOVE z.s.
- Evropský fond pro podporu vzdělávání z.s.
- EOL industry z.s.
- ENDURO HROBČICE z.s.
- EUROPEANCLUB
- European Cross-Training Association
- EASY Live z. s.
- EUROIN občanské sdružení
- Evropské sdružení pro rozvoj elektronických služeb, z.s.
- e-medica, z.s.