- EnviKlub HURÁ VEN, z.s.
- Expediční a střelecký klub, z.s.
- Eywan 2010, z. s.
- Educationem pro prosperitas o. s.
- Ekologické hnutí STROM, z.s. v likvidaci
- ERA Česká republika, z.s.
- ESTinstitute, z.s.
- Evropský integrační spolek
- Evropský regent, z. s.
- Extreme Dogs, z.s.
- EKOKLUB Zlín v likvidaci
- Ekofarma Jalový dvůr, z.s.
- Energeticko - vodárenský inovační klastr z.s.
- Evropský literární klub v likvidaci
- European Longevity Initiative, z. s.
- Epicrates - sdružení pro rozvoj přírodovědných aktivit mládeže
- edu solution z.s.
- EM metal fond z.s.
- EPNO z.s.
- E.H security gym o.s., v likvidaci
- eridani energy, z.s.
- ETNIC ART v likvidaci
- EURO HOCKEY
- EDUmix, z.s.
- EMT SPORT, občanské sdružení
- Evangnet, z. s.
- eco prag z.s.
- Efektivní veřejná doprava pro Havířov a okolí, z. s.
- Ecolodge Nepál z.s.
- Exedra
- Ekologické sdružení Ochoz
- EUROS
- Epoch Times ČR, z. s.
- Esence života z.s.
- ETIQ.CZ, z.s.
- Effatha, z.s.
- Educa Roma, z. s.
- Eutropia z.s.
- Ecclesia podcast, z. s.
- EnduroCross S-Dvůr, z.s.
- ELATER v likvidaci
- Erthad, z.s.
- eBRÁNA
- EURO CLUB MASTRONARDI
- EXPERIENCE
- ECO BAU z.s.
- Expert racing team z. s.
- Evropská Aliance pro Rozvoj Podnikání z. s.
- ECOSTART CONSULT o.s.
- Elektrotechnický cech Milevsko