- EURO racing team z. s.
- Epistea, z. s.
- eReS tým ČR z.s.
- EKOENERGOREGION
- Eko Arts Studio, z.s.
- EDUCANOVA, z.s.
- Eskadra o.s.
- Equilibrium Eventing z.s.
- Ellis tk Svitavy
- Edova cesta z.s.
- Evropské sdružení pro rozvoj elektronických služeb, z.s.
- Evropské společenství Slovanů sv.Cyrila a Metoděje v likvidaci
- European town development, o.s.
- Ekocentrum Kadaň
- Exadversus z. s.
- ENERGIE PRO SPORT, z.s.
- Evropské regiony
- ESKIMO CHLUMEC z.s.
- EK-OÁZA
- ERA - European Rescue Academy z.s.
- ENERKOM Opavsko, z.s.
- EUROBABIČKA z.s.
- EU-ROZHLED
- El Speedo - flying community, z.s.
- EPHATA z.s.
- ENERVIT Team v likvidaci
- E - PROJECT o. s., v likvidaci
- emOcean surf, z.s.
- Elektrotechnický Cech Havlíčkův Brod z.s.
- ELAIA z.s.
- Ekologický spolek Horní Bříza, z.s.
- Elektrotechnický cech plzeňského regionu z. s.
- EKO SPORT DUBOVÁ
- Educenter Komunita Praha 5 z.s.
- Exit, o. s.
- Euro Metalwork Association, z.s.
- Extinction Rebellion Czech Republic - Rebelie proti vyhynutí, z.s.
- EVROPSKÝ SPOLEK ROZVOJE OBCHODNÍCH A KULTURNÍCH AKTIVIT S ČÍNOU - ESROKAČ
- EduMeda z.s.
- ELILTEC z.s.
- Euro Business Association, z.s.
- ELEKTROTECHNICKÉ ŽIVNOSTENSKÉ SPOLEČENSTVO Brno-město, Brno-venkov - v likvidaci
- Enagram, z.s. - v likvidaci
- Expedice Evropa z.s.
- EURO AUTO CLUB, z.s.
- EKO DRIVE v likvidaci
- Expediční a střelecký klub, z.s.
- Elektromontáže pro Ústecký kraj z.s.
- European Institute for Molecular Hydrogen Therapy, z.s.
- Evropský parlament mládeže v ČR, z.s.