- EAGLES, z.s.
- Evropský svaz seniorů, z.s.
- EXOPLANT - Česká společnost pěstitelů exotických a vzácných rostlin
- EKOFEST z.s.
- Easy Jump Team z.s.,
- ESN MENDELU Brno z.s.
- Euterpe Philharmonia z. s.
- EU a My „50 ”
- EEG BIOFEEDBACK INSTITUT v likvidaci
- Element pohybu, z.s.
- Explantologický Klub České Republiky z.s.
- Elitní spolek přátel MJ
- ERKO Esports z. s.
- EBK Basketball Brno z.s.
- EKO KRAJINA, občanské sdružení
- ERUDIO CZ, z. s.
- EQUUS HERRIOT z.s.
- ELMI - Spolek přátel elektronové mikroskopie
- EduSport
- EKOBIOENERGO z.s.
- Energetické společenství ČR - EnSpoČR, z. s.
- Ekologie bez hranic, o.s. v likvidaci
- EDUNIKA z.s.
- EQUITEAM OBORA, z.s.
- ETUDA PRIMA z.s.
- Ergo Vitalis z.s.
- ÉRA ŽEN, z.s. v likvidaci
- ELSA Praha, z.s.
- Empatik
- Edu4life, o. s.
- EUVIET
- Evropská demokratická formace o. s.
- ECL 2002 (1st European Conference on Landslides 2002)
- eD Sport Team, z. s.
- Equiteam Mersi, z. s.
- Ensemble Inégal z. s.
- e-Finance Equestrian Club, z.s.
- Evropská unie pro lidská práva, z.s.
- EXEDRA CZ, z.s.
- EU Trade Association, o.s. v likvidaci
- Evropské společenství občanů 2000, v likvidaci
- Evangelikální společenství křesťanů, z.s.
- EXTREME TRIAL CLUB
- ELPIDA-Sdružení rodičů a přátel návratu ze závislosti
- EDUCA - Agentura pro vzdělávání
- ERGOterapeuti všem z.s. "v likvidaci"
- Easystuding,o.s.
- Ecumenical Network for Youth Action
- ETNIC ART v likvidaci
- Evropský literární klub v likvidaci