- European Business Holding - v likvidaci
- EDUPEAN, o. s.
- Elite Lhenice, z.s.
- Erasmus Student Network Česká republika z. s.
- Evropská numizmatická asociace z.s.
- ENERKOM Opavsko, z.s.
- EXTRACT, music for people
- Enviromentalistický zelený kříž, z.s.
- EVC Vysočina, z.s.
- Erste Football Club, z.s.
- European DanceSport Union
- ESOPOKER, o.s.
- Euro Capital Association, o.s.
- Energetické společenství M. Bureše, z. s.
- Esence života z.s.
- Ekocentrum BESKYDY
- EDU-SCHOOL CONSULTANT, z. s.
- E.H security gym o.s., v likvidaci
- EKOmysl, z. s. "v likvidaci"
- Eduino, z.s.
- Evropská vězeňská unie, o.s. v likvidaci
- EASTSIDE GYM PRAGUE z.s.
- ERA Česká republika, z.s.
- European Civil Liberties Union, z.s.
- Evropská asociace výrobců větroňů, z.s.
- EGOTERIA, z.s.
- ELITÉ OSTRAVA z. s.
- ELLENI z.s.
- ECOSTART CONSULT o.s.
- EFSK - Evropská fronta solidarity pro Kosovo, z.s.
- EUROS
- EQUITA
- Enduro team Horažďovice, z.s.
- ENERKOM Buchlov, z. s.
- ETIQ.CZ, z.s.
- Energie2050 z. s.
- Evropská společnost pro budoucnost z.s.
- Enami, z.s.
- EURAG - Česká republika v likvidaci
- Euro federation hockey and football
- Evropský kongres literátů, občanské sdružení
- EASY MEDIA
- European Wesleyan Association, z.s.
- ELITE HOCKEY z.s.
- E´VIA, občanské sdružení = evropská cesta ke vzdělávání, informovanosti a aktivizaci
- Edu Brno, z.s.
- ErnetFree
- Elis koně z.s.
- Evropské společenství občanů 2000, v likvidaci
- Edmundova soutězka