- Ereignis
- Expeditio Germanica, z.s.
- ENJOY RIDING TEAM z.s.
- Europen Agency for Cooperation and Development "v likvidaci"
- EAGLES, z.s.
- EDUmix, z.s.
- European Network for Academic Integrity, spolek
- European Association of Developers, z.s.
- European Publishers Association, z.s.
- Elektrotechnický cech plzeňského regionu z. s.
- Ebenezer z. s.
- Ekologické sdružení obce Skaštice, o.s.
- Equilibrium Eventing z.s.
- EFKÁ JITRO
- Ervěnické divadlo
- EG Futsal Ostrava o.s.
- E.WRC euro moto club
- Ethical outlook club
- Euro RC Rally Challenge z. s.
- Expedition Club International z.s.
- EKONOMSERVIS, v likvidaci
- Extreme Dogs, z.s.
- E. I. - Ekologický Institut
- EDUKRO, z. s.
- Element pohybu, z.s.
- ENTRANCE GALLERY
- Equiteam, z.s.
- Evropská federace aplikovaných pohybových aktivit, z.s.
- EKOENERGOREGION
- EKO POINT v likvidaci
- Evropský finanční institut
- EDI, z.s.
- Evropský dům Mariánské Lázně
- EXPEDICE NATURA z. s.
- ELON CLUB z. s.
- EUROPA ALMA MATER
- EnatorNet z.s.
- EILAND z.s.
- Erasmus Student Network VUT Brno, z. s.
- Evropská demokratická mládež v České republice v likvidaci
- Edush@re z.s.
- EKOHUBERT z.s.
- Epoch Times ČR, z. s.
- eMOTION Powerlifting Plzeň z.s.
- EK RACING z. s.
- English Playgroup, z.s.
- EEG BIOFEEDBACK INSTITUT v likvidaci
- EVROPANÉ v likvidaci
- EARTHLINKS, v likvidaci
- EFA - fotbal z.s.