- ETNIC ART v likvidaci
- Estrela verde
- ELMI - Spolek přátel elektronové mikroskopie
- Evropské fórum pro efektivní využití energie v likvidaci
- ELCY - Elektrocyklisté, z. s.
- ES Česko z. s.
- EURECA o.s.
- EXTREME SPORTS CLUB Borová v likvidaci
- ELEMENTIS, z.s.
- Essence gate z.s.
- EduLec, z.s.
- European Center for Civic Initiatives, z. s.
- Equiteam, z.s.
- EQUUS HERRIOT z.s.
- EC - OLI PARTNER, o. s.
- Evropský institut pro bezpečnost a životní prostředí, z.s.
- Expedice Evropa z.s.
- E.W.A. agency v likvidaci
- E-MOC-E, z.s.
- European Tiny House Association, z.s.
- Ekologický spolek občanů obce Braškov
- EMESSPORTS z.s.
- EXTREMEDEER o.s.
- Evropské poradenské a informační centrum Olomouc "v likvidaci"
- Edu Swim, z. s.
- Evropská asociace židovských dětí přeživších Holocaust
- Erste Football Club, z.s.
- Equilibrium, o.s.
- EKO OBORA HVĚZDA v likvidaci
- ENERGIE PRO SPORT, z.s.
- EduCorn, z. s.
- European Association of Project Managers, z.s.
- European Knowledge Institute, z. s.
- EXTRACT, music for people
- Expedial
- Ekonomická studentská organizace
- EquiStable Korycany, z.s.
- Ekologické sdružení AGARA
- e(R)go, z. s.
- EVROPSKÉ DĚTI-CHILDREN OF EUROPE
- EMA Poděbrady, z.s.
- Ef osm z.s.
- Ekocentrum Fryčkovna
- EduArt z. s.
- EFSK - Evropská fronta solidarity pro Kosovo, z.s.
- EduPartner, o.s.
- Ekocentrum Roumar z.s.
- Entre, o.s.
- ELVA HELP z.s.
- ENDURO LITOMĚŘICKO, z.s.