- ECCE z.s.
- EKOKLUB Zlín v likvidaci
- Evropská společnost pro právní dějiny, z.s.
- Evropská asociace rozvoje sportu z. s.
- EDC klub
- ELEMENTARIUM z. s.
- EBB STAVBY
- Erasmus Student Network CTU in Prague, z.s.
- Equiteam Mersi, z. s.
- Espirito Santo, z.s.
- Eliseus, z. s.
- EDDITION z.s.
- Ekocentrum Příbram z.s.
- Etnica Spolek
- Evento z. s.
- Exedra
- Evropský orientační atlas
- EMDEST
- EQUUS KUCHAŘOVICE, z. s.
- Ekocentrum Blansko
- EDUKRATES z.s.
- Élektra, z.s. - Centrum pomoci ženám sexuálně zneužitým v dětství
- EDUSKI Česká republika z.s.
- Evropská síť klinického právního vzdělávání, z.s.
- E-Bridge, z.s.
- Eduspicer z. s.
- Evropský spolek pro OZP
- ENERGOKLASTR, z.s.
- Energeticko - vodárenský inovační klastr z.s.
- Excubitors carstus, z.s.
- Energis 24
- Extremsport Olomouc
- Erudio Natura o. s.
- Energie pyramidy z.s.
- EcoNet CENTRUM
- ELAIA z.s.
- EuroCenter 4 mobility, z.s.
- ENERKOM Jablunkovsko, z. s.
- ELKA Ostrava z.s.
- Elbiana z.s.
- Eláán
- Enyimba Social Club z.s.,
- EUNE
- ENHA Ostrava - Sportovní klub pro parkour a trampoliny z. s.
- EUROTEAM CZECH REPUBLIC, z.s.
- Ekologické sdružení pro zdravé životní prostředí v likvidaci
- EVROPSKÉ DĚTI-CHILDREN OF EUROPE
- El Speedo - flying community, z.s.
- EWH REJNOCI Zlín o.s.
- Einherjar z. s.