- East European Information Centre, z.s.
- Eko for 4
- EKOKLUB Zlín v likvidaci
- Eduman v likvidaci
- Equilibro, z.s.
- Emergency medical group, z. s.
- EVROPAN z.s., v likvidaci
- ENDURO TEAM SLOVÁCKO z.s.
- Eco Futura z.s.
- EFFE DUE CZECH MASTERS TEAM
- EkoHrádky z.s.
- European Council of Autistic People z. s.
- EQUUS-SPORT-SYSTEM
- ELPAK Eduka, z.s.
- Elektrica Musica z. s.
- EDUFUN, z.s.
- Elvis Jihlava, z. s.
- EKOmysl, z. s. "v likvidaci"
- ELEKTROTOP, v likvidaci
- Evropské centrum tradiční čínské medicíny z.s.
- EDI, z.s.
- EKOBIOENERGO z.s.
- ENERKOM Růže, z.s.
- EASE, z. s.
- Ekologické sdružení AGARA
- Élie z.s.
- E-commerce & Tech cluster, z.s.
- European youth for human rights, z.s. v likvidaci
- Evropská společnost pro právní dějiny, z.s.
- EEG BIOFEEDBACK INSTITUT v likvidaci
- EDUCATORIO, z.s.
- Evangelizační exploze, z. s.
- Egerland sled dogs
- EURACHEM-ČR z.s.
- Evropský památkový ústav, z.s.
- Evropská vězeňská unie, o.s. v likvidaci
- Elánek pro rodinu, z.s.
- EXTRACT, music for people
- ESPEDIENTE, z.s.
- enterra - výzkum, vzdělávání, komunikace, profesní podpora
- Euterpe Philharmonia z. s.
- EURO URUS, z.s.
- EKON v likvidaci
- European Civil Liberties Union, z.s.
- EQUUS HERRIOT z.s.
- EQUIFEED TEAM z. s.
- Eduking, z.s. v likvidaci
- Euro Business Association, z.s.
- Effective thesis z.s.
- EuroDéfense-Czechia z.s.